طرح اصلاحات ساختاري حسب فرمايش مقام معظم رهبري از آذرماه سال ۱۳۹۷ در دستور كار سازمان برنامه و بودجه كشور قرار گرفت و نتايج بررسي‌هاي يك‌ساله در قالب مجلدي با عنوان «برنامه كلي اصلاحات ساختاري بودجه عمومي با رويكرد قطع وابستگي مستقيم بودجه به نفت» مشتمل بر چهار محور «درآمدزايي پايدار»، «هزينه كرد كارا»، « ارتقاي ثبات، توسعه و عدالت» و «اصلاحات نهادي بودجه» مشتمل بر نه بسته و ۶۶ برنامه و پروژه در موعد مقرر تقديم شوراي عالي هماهنگي اقتصادي شد تا براي بررسي و تصويب در دستور كار مراجع ذي‌ربط قرار گيرد. همچنين گزارش يادشده همراه با ضمائم لايحه بودجه سال ۱۳۹۹ كل كشور تقديم مجلس شوراي اسلامي نيز شده است.

به گزارش مركز اطلاع رساني ، روابط عمومي وامور بين الملل سازمان برنامه و بودجه كشور ، آن بخشي از آثار مطالعات انجام شده در مورد اصلاحات ساختاري كه در لايحه بودجه ۱۳۹۹ منظور شده است به شرح موارد زير است:
با تشكيل كميته‌هاي بازبيني هزينه و رصد بازنگري برنامه‌هاي اجرايي و خروجي‌هاي آنها، لايحه ۷۸ دستگاه اجرايي سياستگذار براساس برنامه‌هاي اجرايي و به صورت برنامه‌محور تنظيم شده است، تا ضمن برقراري ارتباط ميان بودجه سنواتي با اسناد بالادستي، در اجراي بودجه، متناسب با خروجي‌هاي برنامه‌هاي مذكور، نسبت به پرداخت اعتبارات اقدام شود و مسئوليت پاسخگويي تحقق ميزان تحقق برنامه‌هاي ياد شده نيز با بالاترين مقام دستگاه سياست‌گذار است.
به منظور اصلاح روابط مالي دولت با شركت ملي نفت و با هدف افزايش ظرفيت توليد نفت و گاز كشور، پياده‌سازي قواعد حاكميت شركتي در بخش بالادستي نفت و گاز، افزايش شفافيت و حفظ منابع بين‌نسلي، شركت ملي نفت ايران به استناد بند (ز) تبصره (۱) لايحه بودجه سال ۱۳۹۹ كل كشور، موظف شده است از ابتداي سال آينده، تمام قراردادهاي توسعه و نگه‌داشت ميادين نفتي و گازي را در چارچوب شرايط عمومي، ساختار و الگوي قراردادهاي بالادستي نفتي و گازي و ضوابط مصوب آن توسط هيأت وزيران به متقاضيان واگذار نمايد.
 اين شركت موظف است ظرف مدت شش ماه از ابلاغ قانون بودجه سال ۱۳۹۹ نسبت به ارائه هزينه‌هاي جاري و سرمايه‌اي ميادين در حال توليد كشور و به تفكيك ميزان، براي تصويب به شوراي اقتصاد اقدام كند. پس از تعيين هزينه‌هاي هر يك از ميادين توسط شوراي اقتصاد، مبناي دريافت دستمزد شركت ملي نفت، به ازاي هر بشكه نفت و هر مترمكعب گاز توليدي از اين ميادين خواهد بود. البته تا زمان اجرايي شدن روابط مالي جديد ، روابط مالي فعلي به قوت خود باقي است. 
با توجه به اين‌كه يكي از بسته‌هاي محور درآمدزايي پايدار، مولدسازي و مديريت دارايي‌هاي دولت مي‌باشد، لذا تأمين بخشي از منابع مورد نياز لايحه بودجه سال آينده در قالب منابع حاصل از فروش و واگذاري اموال منقول و غيرمنقول در بخش واگذاري دارايي‌هاي سرمايه‌اي (۴۹۵۰۰ ميليارد تومان) و بخشي نيز در قالب واگذاري سهام دولت در شركت‌ها و بخش‌هاي مختلف در واگذاري دارايي‌هاي مالي پيش‌بيني شده است.
 همچنين به منظور تسريع در امور مولدسازي دارايي‌هاي مالي به استناد جزء (۱) بند (د) تبصره (۱۲) لايحه بودجه دستگاه‌هاي اجرايي موضوع ماده (۲۹) قانون برنامه ششم توسعه مكلف شدند تا پايان خردادماه سال ۱۳۹۹، اطلاعات ساختمان‌ها، فضاهاي اداري، غيراداري و ساير اموال و دارايي‌هاي غيرمنقول خود را در سامانه جامع اموال دستگاه‌هاي اجرايي (سادا) تكميل كنند و تخصيص اعتبارات طرح‌هاي تعميرات اساسي و ماشين‌آلات و تجهيزات سال آينده نيز منوط به ثبت اين اصلاحات شده است. استانداري‌ها نيز مكلف شدند ضمن صحت‌سنجي اطلاعات استاني با همكاري دستگاه اجرايي استاني، نسبت به ارائه پيشنهاد مولدسازي دارايي‌هاي مازاد به وزارت امور اقتصادي و دارايي اقدام نمايند.
در راستاي سامان‌دهي يارانه‌هاي پرداختي و ايجاد شفافيت، اعتبارات يارانه‌اي كه در رديف‌هاي متفرقه يا ذيل برنامه‌هاي دستگاه‌هاي اجرايي به صورت پراكنده درج مي‌شد، احصاء و به صورت متمركز در تبصره (۱۴) لايحه بودجه درج گرديده است (۲۹۲۵۱ ميليارد تومان).
در راستاي اصلاح نظام بودجه‌ريزي و شفافيت در توزيع اعتبارات استاني و ملي براي اولين بار تصوير منطقه‌اي بخشي از بودجه عمومي كشور ارائه شد. همچنين مكانيزم تشويق براي كسب بيشتر درآمدهاي استاني پيش‌بيني شده است و به منظور تقويت مديريت استان‌ها، تعداد ۶۵۰ طرح ملي براي اجرا و نظارت به طور كامل به استان‌ها واگذار شده است. همچنين براي اولين بار اطلاعات بودجه استان‌ها مشتمل بر اعتبارات هزينه‌اي، درآمدهاي استاني، اعتبارات تملك دارايي‌ها سرمايه‌اي و همچنين پروژه‌هاي مشاركت عمومي-خصوصي استاني به صورت پيوست جداگانه تنظيم و تقديم مجلس شوراي اسلامي شد. 
شايان ذكر است كه بخش عمده‌اي از اعتبارات هزينه‌اي دستگاه‌هاي اجراي ملي و همچنين اعتبارات تملك دارايي سرمايه‌اي ملي مورد برش استاني قرار گرفت و در پيوست استان‌ها درج شد. 
بودجه‌ريزي مبتني بر عملكرد و تعيين بهاي تمام شده برنامه‌هاي اجرايي و خروجي‌هاي هر برنامه هم براي تمامي دستگاه‌هاي ملي و استاني يك سال زودتر از مهلت مقرر در قانون برنامه ششم توسعه انجام شد. 
به منظور افزايش شفافيت كارايي هزينه‌كرد دولت و تسريع در پرداختي‌هاي دولت بابت خريد كالا و خدمات و يا پرداخت‌هاي حمايتي از اشخاص، پرداخت اين بخش از اعتبارات بودجه عمومي در قالب پرداخت به ذي‌نفع نهايي، به استناد جزء (۳) بند (الف) تبصره (۲۱) مقرر شده است: هرگونه پرداخت مستقيم و مستمر از محل اعتبارات هزينه‌اي به ساير كاركنان دستگاه‌هاي اجرايي از ابتداي خردادماه سال ۱۳۹۹، تنها پس از ثبت اطلاعات آنان در سامانه كارمند ايران، از محل اعتبارات تخصيص يافته دستگاه اجرايي ذي‌ربط توسط خزانه‌داري كل كشور به ذي‌نفع واحد انجام خواهد شد. 
همچنين براساس بند (ج) تبصره مذكور، مقرر شده است دستگاه‌ اجرايي موضوع ماده (۲۹) قانون برنامه ششم توسعه كه به نحوي از انحاء از بودجه عمومي استفاده نموده و هرگونه مستمري و يا كمك هزينه معيشت به حساب جامعه هدف پرداخت مي‌نمايند، مكلف هستند كه فهرست افراد تحت پوشش خود را به صورت ماهانه به خزانه‌داري كل كشور اعلام نمايند. اين مبالغ از محل اعتبارات تخصيص يافته دستگاه اجرايي ذي‌ربط، توسط خزانه‌داري كل كشور به ذي‌نفع نهايي پرداخت خواهد شد.
پيش‌بيني توزيع منابع مالي برنامه‌هاي توليد و اشتغال در سال‌هاي ۱۳۹۹ و ۱۴۰۰ با توجه به مفاد بند (الف) و (ب) ماده (۵۲) قانون الحاق برخي مواد به قانون تنظيم بخشي از مقررات مالي دولت (۲) و تبصره (۱۸) لايحه به تفكيك برنامه‌هاي دستگاه‌هاي اجرايي در پيوست سند اشتغال درج شده است.
درمورد پيش‌بيني درآمد‌هاي مالياتي نيز با توجه به تصميم‌هاي متخذه، مقرر شده است تماماصلاحات قانون ماليات‌هاي مستقيم به صورت يكپارچه و متمركز و در قالب لايحه‌اي جداگانه توسط دولت به مجلس شوراي اسلامي تقديم شود، از اين‌رو، محاسبات ماليات قابل وصول برمبناي روند وصولي‌هاي سال‌جاري، قوانين فعلي اخذ انواع ماليات‌هاي مستقيم و غيرمستقيم و امعان‌نظر به تلاش‌هاي سازمان امور مالياتي كشور در تكميل سامانه جامع مالياتي، دسترسي به پايگاه‌هاي اطلاعاتي و داده‌هاي مورد نياز و اهتمام به وصول ماليات‌‌هاي معوق است. گفتني است كه نسبت ماليات به توليد ناخالص داخلي كماكان حدود پنج درصد است كه نشان از قابليت افزايش ظرفيت‌ اين بخش است.
درمورد تأمين مالي ۸۰ هزار ميليارد تومان از محل ظرفيت انتشار انواع اوراق‌ مالي اسلامي، لازم به توضيح است كه بر اساس پيش‌بيني‌هاي صورت‌گرفته، مقرر است ۱۶ درصد از منابع بودجه عمومي از محل ظرفيت انتشار اوراق مالي اسلامي و با ايجاد ظرفيت‌هاي لازم در بازار پول و سرمايه و هماهنگي‌هاي لازم ميان سياست‌هاي پولي و مالي انجام شود. با عنايت به برخورداري اقتصاد ملي از حجم بالاي نقدينگي،ظرفيت مناسبي براي عرضه اوراق بهادار دولتي و تعميق بازار بدهي فراهم شده است و ارائه ابزارهاي مالي با عايدي بالاتر وريسك پايين‌تر ازجمله اوراق بدهي دولت زمينه جذب منابع مالي موجوددراقتصاد را موجب شده و مي‌تواند به جبران كاهش ساير منابع بودجه عمومي،تجهيز منابع پايدار براي دولت وتخصيص بهينه منابع حاصل از انتشار اوراق و خلق هوشمندانه بدهي در دوره‌هاي آتي بيانجامد.
 انتشار اوراق بدهي هم مناسب‌ترين ابزار استقراض دولت است كه درصورت استفاده از اين اوراق، مقدار، نرخ، سررسيد براي وام‌دهندگان به صورت شفاف مشخص مي‌شود. همچنين امكان معامله اين اوراق در بازار بدهي، نقدشوندگي آنها را افزايش مي‌دهد و مانع قفل شدن ترازنامه وام‌دهندگان به دولت و آحاد اقتصادي مي‌شود و هر چقدر ميزان خوش‌حسابي و پايبندي دولت به تعهداتش بيشتر باشد، تمايل قرض دادن به دولت بيشتر و هزينه تأمين مالي آن نيز براي دولت كمتر خواهد شد.
بررسي سوابق چند سال اخير نيز نشان مي‌دهد كه تاكنون يك ريال از تعهدات دولت در خصوص اوراق منتشره نكول نشده و اين پايبندي به انجام تعهدات با عنايت به برنامه‌ريزي‌هاي انجام شده مستمر و ادامه‌دار خواهد بود. 
درمورد ادعاي مطرح شده مبني بر عدم صرفه‌جويي از جانب دولت نيز لازم به توضيح است كه بودجه عمومي سال ۱۳۹۹ علي‌رغم وجود مبالغ قابل توجهي از پرداخت‌هاي اجتناب‌ناپذير، نسبت به مصوب سال‌جاري تنها با نه درصد رشد منظور شده است، ضمن اين‌كه با توجه به نقش و اهميت اعتبارات تملك دارايي‌هاي سرمايه‌اي در توليد و اشتغال، اعتبارات تملك دارايي‌هاي سرمايه‌اي نه تنها كاهش نيافته بلكه با پنج درصد رشد پيش‌بيني شده است.
 در اين ميان اعتبارات هزينه‌اي با وجود رشد ۱۵ درصدي حقوق و مزايا كه البته در خصوص صندوق‌هاي بازنشستگي اين درصد بالاتر است، تنها چهار درصد افزايش يافته است كه اين به معناي صرفه‌جويي در ساير اجزاي هزينه‌اي است. ضمن اين‌كه نسبت بودجه عمومي به توليد ناخالص داخلي به قيمت ثابت كه بيانگر حجم ارائه كالاها و خدمات عمومي توسط دولت به مردم است، روند نزولي دارد.
در مورد بودجه شركت‌هاي دولتي در سال جاري نيز براي اولين بار در اجراي قانون الحاق يك تبصره به ماده ۱۸۲ قانون آيين‌نامه داخلي مجلس شوراي اسلامي، دولتمكلف شده است«گزارش  عملكردبودجه سال گذشته وصورت‌هاي مالي حسابرسي شده،بودجه تفصيلي سال جاري وعملكرد بودجه مصوب شش ماهه اول سال جاري تمام شركت‌هاي دولتي،بانك‌ها و مؤسسات انتفاعي وابسته به دولت وشركت‌ها و مؤسساتي كه مستلزم ذكر يا تصريح نام است وهمچنين بودجه پيشنهادي سال آينده آنها وشاخص‌هاي كلان كل بودجه را تا پانزدهم آبان‌ماه هرسال به همراه گزارش ارزيابي بر مبناي شاخص‌هاي مالي وعملكردي به تفكيك به مجلس شوراي اسلامي تسليم كند» كه بودجه پيشنهادي شركت‌ها و گزارش‌هاي مربوط در موعد مقرر قانوني  يعني۱۵ آبان‌ماه تقديم مجلس شوراي اسلامي شد.

 به استناد ماده مذكور مقرر بود كه گزارش‌هاي ارسالي ظرف مدت ۲۰ روز توسط ديوان محاسبات كشور بررسي شده و نتيجه به كميسيون برنامه و بودجه و محاسبات مجلس شوراي اسلامي، براي رسيدگي در زمان تقديم لايحه بودجه ارسال شود. در فاصله زماني ۱۵ آبان‌ماه تا ۱۵ آذرماه، سازمان برنامه و بودجه كشور آمادگي خود را براي ارائه توضيحات و شركت در جلسات بررسي كارشناسي با نمايندگان محترم ديوان محاسبات كشور و مجلس شوراي اسلامي اعلام نموده بود و حسب دعوت كارگروه «بررسي عملكرد بند (ط) تبصره (۲) قانون بودجه سال ۱۳۹۸» در كميسيون برنامه و بودجه نيز حضور يافته و گزارش‌هاي درخواستي را ارائه كرده است.
 شايان ذكر است با وجود حجم گسترده اطلاعات خواسته شده مربوط به شركت‌هاي دولتي در قانون الحاقي ك تبصره به ماده (۱۸۲) قانون آيين‌نامه داخلي مجلس شوراي اسلامي، و با توجه به اولين سال اجراي اين قانون، دولت تمام اهتمام خود را به كار گرفت و موفق شد در موعد مقرر، اطلاعات خواسته شده را به صورت منسجم جمع‌آوري و ارائه نمايد. به‌ويژه اطلاعاتي كه براي اولين بار در فرصت محدود  يعني حدود ۲,۵ ماه تهيه و تدوين گرديد، مانند گزارش ارزيابي بر مبناي شاخص‌هاي عملكردي و مالي شركت‌هاي دولتي كه با ساختار تفصيلي، اطلاعات پايه، عملكردي، مالي و بودجه‌اي شركت‌ها را تبيين نموده است.
 در مورد ادعاي مطلب مبني بر شفاف نبودن بودجه شركت‌هاي دولتي، اين نكته حائز اهميت است كه وفق ماده يك قانون محاسبات كشور، دولت در طول چند دهه گذشته، به طور سنواتي بودجه شركت‌هاي دولتي را در قالب پيوست شماره (۳) همزمان با لايحه بودجه كل كشور تقديم مجلس شوراي اسلامي نموده است و منعي براي بررسي بودجه شركت‌هاي دولتي وجود نداشته است و اين شائبه كه دولت تمايلي مبني بر شفاف نمودن بودجه شركت‌هاي دولتي ندارد، به هيچ عنوان صحيح نيست و دولت همواره تمام اطلاعات و مستندات خواسته شده توسط مجلس شوراي اسلامي و نهادهاي نظارتي را در اختيار گذاشته است و با الزام قانوني آيين‌نامه داخلي مجلس شوراي اسلامي، دولت بودجه پيشنهادي شركت‌هاي دولتي، نه لايحه بودجه شركت‌ها را هر سال يك‌ماه زودتر از لايحه بودجه تقديم مجلس شوراي اسلامي مي‌كند تا در اين مورد تدقيق بيشتري صورت گيرد.